Kısa sürede organize olan Boşnaklar, İzetbegoviç'in etrafında birleşerek bağımsızlığın ağır bedelini ödemeye başladı. Savaş boyunca evler, camiler, tarihi eserler yıkılıp insanlar toplama kamplarında işkenceye tabi tutulurken, Bosnalı Müslüman kadınlar ise tecavüzlere maruz kaldı.