1990 yılında bugün de ülkedeki en güçlü Boşnak partisi konumundaki SDA'yı kuran İzetbegoviç, Bosna'da 1992-1995 yılları arasındaki savaşta da halkına önderlik etti. Savaşı bitiren Dayton Barış Antlaşması'nı 21 Kasım 1995 tarihinde imzalayan İzetbegoviç, bu anlaşmayla halkına uluslararası arenada tanınan bir devlet bıraktı.