Aliya İzetbegoviç, bu zor durumu her zaman büyük saygı duyduğu halkının seçimine bıraktı. 29 Şubat-1 Mart 1992'de Bosna Hersek'te bağımsızlık referandumu yapıldı. Halkın yüzde 64'ünün katıldığı referandumda, katılanların yüzde 99,44'ü bağımsızlığa "evet" dedi. Referandumla bağımsız olan Bosna Hersek, 6 Nisan'da AB, 7 Nisan'da ABD tarafından bağımsız bir devlet olarak kabul edildi.
Üsküdar-Ümraniye metro istasyonunda sona doğru